หลังจากการแข่งขัน KOF'97 จบลงไป งานแข่งขัน KOF'99 ได้ถูกจัดขึ้นมาทันที เคียวได้ถูกจับตัวไปโดยองค์กร NESTS และได้ทำการทดลองทางพันธุกรรมของเคียวเพื่อจุดประสงค์หลายๆอย่างขององค์กร วันหนึ่งเคียวได้ฟื้นคืนสติหลังจากการหลับไหลมาอย่างยาวนาน รอบตัวเขามีอุปกรณ์เครื่องมือต่างๆมากมายรายล้อมรอบตัวในห้องทดลอง เคียวได้ทำลายข้าวของในนั้นและคิดจะหนีออกมา ในขณะที่กำลังหนีนั้นเคียวได้ยินถึงเรื่องราวขององค์กร NESTS เคียวพยายามที่จะหาคำตอบว่าองค์กรดังกล่าวจับตัวเขามาทำไมแต่ว่าฐานทัพนั้นก็ถูกทำลายซะก่อน เคียวจึงสะสางเรื่องราวเหล่านี้ด้วยตัวเอง ในขณะที่การทำลายเมืองเซาท์ทาวน์นั้นล้มเหลว เคียวได้เผชิญหน้ากับอิโอริและได้ต่อสู้โดยที่ไม่รู้ผลแพ้ชนะ ในการแข่งขัน KOF 2001 เคียวได้รวมทีมกับเพื่อนเก่าอย่างเบนิมารุและไดมอนรวมไปถึงชินโง ทำให้เป็นการกลับมาของทีมญี่ปุ่นเพื่อเข้าร่วมการแข่งขัน KOF ที่มีองค์กร NESTS เป็นผู้สนับสนุนการแข่งขัน